厦门海底世界的镇馆之宝是“鲸豚标本馆”内展示的抹香鲸表皮和骨骼两付标本，该标本是2000年3月11日在厦门附近海域发现的一头死亡的抹香鲸，乃迄今国内所发现最大的抹香鲸个体，全长18.6米，重48吨。厦门海底世界按国家有关规定和程序接收了这只巨大的鲸，并用3年时间制作成表皮和骨骼两付标本供游客参观。另外标本馆内还展示了小须鲸、海豚等生物标本。